Az 1975-ben megnyitott múzeum a kontinens első földalattijának állít emléket. Külön érdekessége, hogy a kiállítási hely maga is műszaki emlék: a millenniumi földalatti vasút egy eredeti alagútszakasza, amelyet az 1955. évi vonalkiegyenlítés során hagytak fel. Tehát nemcsak a múzeumban található kocsik, makettek, iratok és fényképek, hanem maguk a falak is egyedülálló történelmi atmoszférát teremtenek a budapesti belváros szívében.
A múzeum előterében az egykori végállomás eredeti felirata: "Gizella tér" fogadja a látogatót (eredeti Zsolnay csempeburkolat). Itt látható az az emléktábla is, mely arról tanúskodik, hogy az ezredévi ünnepségekre Budapestre látogató Ferenc József 1896. május 8-án utazott a földalattin, és "legkegyelmesebben megengedte", hogy a vasút felvegye az ő nevét. A múzeumban a földalatti vasút három kocsija is megtekinthető: a 19-es, az 1-es és 81-es pályaszámúak. A kiállított járműveket 1975-ben a nyitott födémrészen keresztül, daruval emelték a vágányokra. A kocsikkal szemközti vitrinsorban eredeti dokumentumok, fényképek, modellek és tárgyi eszközök mutatják be a földalatti vasút történetét az építéstől napjainkig.
Az állandó kiállítások mellett időszaki kiállítások, múzeumpedagógiai foglalkozások, gyereksarok és múzeumi bolt várja a látogatókat.A műemléki alagútban berendezett múzeum történelmi dokumentumok és korabeli tárgyak segítségével visszaviszi a látogatót az 1900-as évek elejére azokba a sokat emlegetett, "Boldog Békeidőkbe". A Budapesti Közlekedési Részvénytársaság múzeuma 1975 óta fogadja a látogatókat.