A Hanság láprengetegének északi peremén az időszámítás előtti IV. századból származó régészeti leletet találtak, amely gazdag római és népvándorlás kori kultúrákról tanúskodik.

A kiterjedt mocsárvilág kavicshalmain – „gorondjain” – a korai vaskortól kezdve települtek meg az emberek.
A mai város három – egykor önálló település – (Moson) Szent-János, (Moson) Szent-Péter és Puszta-Somorja 1970-ben történt egyesítésével született.
2004. július 1-jei hatállyal Mádl Ferenc köztársasági elnök Jánossomorját várossá nyilvánította. A városavató ünnepséget 2004. szeptember 24-én rendezte meg a település.